Carlos bom dia,
relativamente a data para inicio da bolsa talvez o mais simples seja no formulario de candidatura indicares Junho ou Julho 2008.
Como sabes eles referem que:
"as bolsas aprovadas, cuja avaliação tenha decorrido no segundo ciclo, poderão ter início em data não anterior a 1 de Janeiro de 2008";
portanto a data Junho/Julho 2008 esta de acordo e evitas ter de solicitar adiamentos do inicio.
Considera tambem que podem ocorrer alguns atrasos, mesmo apos concessao da bolsa, devido a assinatura do contrato. Se isto acontecer mesmo que tenhas definido o inicio da bolsa para Janeiro podera comecar mais tarde, e, por exemplo, num caso extremo em Junho/Julho

com uns seis mesinhos de atraso.
Tambem pelo que percebi ja tens a confirmacao do estagio remunerado. Se for assim tambem ja tens alguma seguranca e podes aguardar por Junho para iniciar o doutoramento se te for concedida bolsa.
Esta e a minha opiniao, mas espera por outras ou liga para a loja do cientista e talvez eles te possam aconselhar melhor.
Abraco e bom trabalho
Henrique