Creio que não terão outra alternativa a contactar a FCT para saberem o procedimento concreto no vosso caso.
Em todo o caso, o que eu imagino é que não requeiram a renovação no fim do contrato, entreguem um relatório final de actividades, e apresentem parecer favorável quanto ao trabalho realizado do orientador e da instituição de acolhimento.
Quanto às devoluções:
Do Estatuto do Bolseiro,
http://alfa.fct.mctes.pt/apoios/bolsas/estatutobolseiro
Artigo 18º - Sanções
2. No caso de incumprimento reiterado e grave por parte do bolseiro, a entidade financiadora tem direito a exigir a restituição das importâncias atribuídas.
3. Não se considera incumprimento a desistência, por parte do bolseiro, desde que notificada à entidade acolhedora e ou financiadora até 30 dias antes da pretendida cessação.
Do Regulamento, quanto às desistências
http://alfa.fct.mctes.pt/apoios/bolsas/ ... ento.phtml
Secção III
Termo e cancelamento de bolsas
Artigo 33º
Relatório final de bolsa
1 O bolseiro deve apresentar em formato electrónico, de preferência, até 60 dias após o termo da bolsa, um relatório final das suas actividades, onde constem os endereços URL das comunicações e publicações resultantes da actividade desenvolvida, acompanhado pelo parecer do orientador ou do responsável pela actividade do candidato ou pelo seu enquadramento. No caso de bolsas de mestrado ou doutoramento, deverá ainda ser entregue logo que possível o certificado da obtenção do grau respectivo.
2 No prazo máximo de dois anos após o termo da respectiva bolsa de doutoramento, cabe à instituição que confere o grau (ou, caso esta seja uma instituição estrangeira, ao bolseiro) fazer prova da entrega da respectiva tese para submissão a provas, sob pena de devolução integral à FCT dos custos de formação.
Artigo 36º
Não cumprimento dos objectivos
1 O bolseiro que não atinja os objectivos essenciais estabelecidos no plano de trabalhos aprovado, ou cuja bolsa seja cancelada em virtude de violação grave dos seus deveres por causa que lhe seja imputável, pode ser obrigado, consoante as circunstâncias do caso concreto, a restituir a totalidade ou parte das importâncias que tiver recebido.
2 Para os efeitos previstos no nº 3 do art. 18º do Estatuto do Bolseiro de Investigação,
a aceitação pela FCT da desistência por parte do bolseiro, encontra-se dependente da entrega e aprovação, pela FCT, do relatório das actividades desenvolvidas até à data, subscrito pelo bolseiro, pelo seu orientador e pela instituição de acolhimento.